時は、三代将軍徳川家光の治世。処は、九州は天草・島原。 重税と度重なる飢饉に苦しむ農民は迫害されながらもキリシタンを信仰し続けていた。 そして、海の上を歩いて渡り、農民を武士達の拷問から救い出し、天主デウスの言葉を伝える救世主―「天の御子」が現れることを待ち望んでいた。 その頃、天草と島原には二人のＳＨＩＲＯＨという男がいた。 一人は、島原の益田四郎時貞（上川隆也）。 キリシタン大名小西行長の家臣だった甚兵衛好次の長男である。 甚兵衛は、幼い頃から不思議な力を宿していた四郎を旗頭に、幕府への反乱を起こそうと画策していた。 巷間に広がる「天の御子」の噂も、甚兵衛とその家臣によって作られたものだった。 しかし、四郎はある事件をきっかけに、既に奇跡を起こす力を失っていた。四郎は自らを「天の御子」と名乗ることなく、その噂だけを流布し続けていたのだ。 農民の苦しみは限界に達していた。四郎は、民衆から聖人として慕われ、四郎の孤独を理解する寿庵をかついで反乱を起こす決意を固める――― もう一人は、貿易船の残骸の中で父の遺した宝を守り続ける、天草のシロー（中川晃教）。 彼の歌には人の心を操るという不思議な力があった。 その力を怪しまれたシローは、江戸幕府からの隠密・柳生十兵衛に捕らえられ、役人の詰め所に連れて行かれる。 シローの周囲には、大勢の捕らわれ人が、半死半生で横たわる。仲間も次々と拷問に遭い、そのあまりの惨めさに怒るシロー。 と、シローの前に一人の少女が現れ――― すでにこの時二人のＳＨＩＲＯＨは、ひとつの悲劇と共に在った。