平安時代末期。
長きにわたった貴族の支配が終わりを迎え、代わって二つの武家勢力が力を持ち始めていた。
京の都では、平氏が公家と手を結んで日の本の国の実権を握る一方、東国では源氏の棟梁･源頼朝(粟根まこと)が鎌倉を拠点に力を蓄え、平氏討伐を狙っている。だが、その両者も力が及ばぬ地域があった。
「みちのく」と呼ばれる、奥州の地である。

奥華(おうが)一族が治めるこの地はどの勢力に属することもなく独立自治を貫き、その都、奥泉は黄金の都とも噂されていた。
その奥泉の外れにある漆黒の窟(いわや)。奥華の民には死者を木乃伊(みいら)にする風習があり、ここには奥華一族の木乃伊が眠っていた。
この聖なる場所で、こともあろうに若いおなごに乱暴しようとする若武士がいた。遮那王牛若(早乙女友貴)である。

頼朝の異母弟にあたる彼は平氏に追われ、奥華の当主・秀衡(橋本さとし)にかくまわれていたのだ。
牛若は秀衡の次男･次郎奏衡(中山優馬)や、お目付け役の山法師・常陸坊海尊(山内圭哉)の制止を聞かず、ついに次郎と斬り合いになる。
そこに秀衡の長男、玄九郎国衡(生田斗真)が現れ、二人の間に割って入る。が、勢い余った玄九郎は、牛若を死なせてしまう。
激怒した海尊は武蔵坊弁慶(三宅弘城)とともに、逃げようとする玄九郎を捕らえて打ち据え、秀衡の屋敷に連行。
牛若が死んだことで、牛若に兵を貸して頼朝に加勢させる計画はおじゃんに。
だが、ここで弁慶が、玄九郎が牛若になりすませばいいと言い出す。

本物の牛若を知るのは弁慶、海尊ら、そして奥華一族のみ。弁慶は、ここにいる者が口裏を合わせれば頼朝を騙せると考えたのだ。
この提案をあっさり受け入れた玄九郎は、これを機に元服し、名を玄九郎義経と改める。そして頼朝と面会し、秀衡が持たせた黄金を献上。
まんまと頼朝に、自分を牛若だと信じ込ませることに成功する。

その頃、漆黒の窟では、秀衡の妻にして奥華の巫女長･黄泉津の方(りょう)が儀式を行っていた。
儀式のあと、黄泉津の方はある理由から、秀衡の弟･十三と共謀。実の息子である泰衡を新たな当主に据え、秀衡を殺害させるのだった。

一方、義経は平氏との戦いで快進撃を続けていた。
そして最終決戦の地･壇ノ浦で、大陸渡りの歌うたい･静歌(藤原さくら)と出会う。
六絃(ろくしん)を奏で、歌で平氏の兵(つわもの)たちを弔う静歌。彼女の歌に魅了された義経は、静歌に歌を乞う。
歌い出す静歌。するとそこに血まみれとなった秀衡が現れる。

秀衡の亡霊は、妻と弟にはばか謀られ、息子に殺されたことを義経に伝え、「父の無念を晴らしてくれ」と告げて消える。
真実を確かめるため、義経は静歌とともに奥華に向かうが……。